虽然都是立足于五运六气，但辅行诀与三因司天方在研究方法上是不同的。

实践出真知，我们在临证中发现，经过五运六气计算出辅行诀用药，在用司天方时，时验时不验，效果不如直接运用辅行诀来得好。

我们仔细分析下辅行诀与司天方的立意，就能明显发现它们之间的不同。辅行诀五脏补泻方，是根据五脏的虚和实进行的组方，其中最基本的组方方法是五行互含理论的实际运用，其核心是五行互含理论，虽然大补泻方，涉及到脏腑之间的关系，但其实质是五行互含理论指导下的组方，并不是单纯的脏腑理论关系指导组方，只是在五行互含指导下的组方必然会出现脏腑关系。这是本和末的关系。

司天方是五运十方，六气六方，共计十六方，其组方思路与辅行诀五脏补泻方有其明显的不同。

司天方研究的是脏腑与脏腑之间的生克制化，如，《三因极一病证方论》遇六乙年，从革之纪，为水所复，则反头脑户痛，。显然是脏腑之间的生克制化，胜气复气的关系。

可以想见的是，辅行诀的五行互含理论，其背后一定有更深刻的理论依据，这需要我们不断地深入研究，挖掘，发现。